Le agradecería me dijera si se debe decir "el A.M.P.A." o " la A.M.P.A."

entendiendo por tal sigla "Asociación de padres-madres". 

Las siglas A.M.P.A llevan el artículo determinado femenino LA por ser el sustantivo con el que concierta el artículo el sustantivo femenino Asociación, palabra femenina que comienza por A átona.  En las siglas el artículo concuerda con el primer sustantivo de la sigla: La ONU (Organización de las Naciones Unidas), la OTAN (Organización del...), la UNESCO (Organización...).

«Las letras que forman siglas se escriben con mayúscula y, por regla general, sin puntos (ONU, ISBN), sobre todo cuando esas siglas han pasdo a formar palabras, esto es, cuando constituyen acrónimos. La generalización de los acrónimos puede incluso permitir escribirlos con minúscula, total o parcialmente. Ejemplos: uvi, talgo, Mercosur. El plural de las siglas se construye haciendo variar las palabras que las acompañan. Ejemplos: las ONG, dos TAC.» [RAE:Ortografía..., 1999: § 6.1.8 y 6.1.9)]

Género de las siglas:

"Las siglas adoptan el género de la palabra que constituye el núcleo de la expresión abreviada, que normalmente ocupa el primer lugar en la denominación: el FMI, por el «Fondo» Monetario Internacional; la OEA, por la «Organización» de Estados Americanos; la Unesco, por la United Nations Educational, Scientific and Cultural «Organization» (‘Organización de Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura’). Las siglas son una excepción a la regla que obliga a utilizar la forma el del artículo cuando la palabra femenina que sigue comienza por /a/ tónica; así, se dice la AFE (y no *el AFE), por «Asociación» de Futbolistas Españoles, ya que la palabra asociación no comienza por /a/ tónica." [RAE: Diccionario panhispánico de dudas. Madrid: Santillana, 2005, p. 603]

A veces, las siglas pasan a escribirse en minúscula, después de haber pasado por una fase de mayúsculas: OVNI > ovni, SIDA > sida. Cuando en una sigla se produce este proceso, se inicia un proceso que llevará a la lexicalización de la sigla, es decir, a su conversión en una palabra más de nuestro vocabulario, con olvido general del origen de la sigla. Por ejemplo el radar, hoy nombre común en todas las lenguas, fue en su origen una sigla inglesa RADAR (radio detection and ranging, ‘detección y localización por radio’). Como sigla debería llevar en español el artículo femenino la concordando con la primera palabra de la sigla RADIO; como una palabra incorporada a nuestro vocabulario, llega artículo masculino.

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«Las siglas, por lo general, se escriben con mayúscula y sin puntos; adquieren el género de la primera palabra de la expresión que designan; y no suelen tener marca de plural.

Las siglas son palabras formadas con las iniciales de otras palabras que constituyen un todo. Según Leonardo Gómez Torrego en Ortografía de uso del español actual:

§       Las letras de las siglas se escriben con mayúscula y sin puntos, excepto en el caso de los acrónimos.

§       Cuando la sigla va acompañada de un artículo, por lo general este concuerda en género y número con la primera palabra de la sigla: el BOE (Boletín Oficial del Estado).

§       Las siglas, por lo general, no tienen plural, pero este puede aparecer en las palabras que las acompañen: los CD-ROM. No obstante, se utilizan erróneamente muchas siglas en plural como: ONG’s o APAs.

§       Extisten tres formas de pronunciar la siglas: deletreando cada inicial (ATS, [ateése]; realizando una lectura corriente (UNED, [unéd]; y mezclando las dos formas anteriores (CSIC, [cesíc]).

Ocurre con frecuencia que se confunden los significados de siglas y abreviaturas. Sin embargo, es fácil decir dónde están las diferencias. Cuando las siglas se leen en voz alta, se pronuncian, generalmente, las letras o las sílabas que las componen, en las abreviaturas, se lee la palabra entera y no las letras que componen la abreviatura: pza. se lee plaza, no pza. Además, las siglas no suelen tener plural, mientras que las abreviaturas sí lo poseen; y por último, las siglas no llevan punto, mientras que las abreviaturas, por lo general, se escriben con punto.»

[Departamento de Español Urgente de la agencia EFE: Diccionario de español urgente. Madrid: Ediciones S.M., 2000, p. 404-405]